哈尔滨医科大学是由原哈尔滨医科大学（我国医学先驱伍连德博士于1926年创建的哈尔滨医学专门学校,1938年改名为哈尔滨医科大学）和原兴山（现鹤岗市）中国医科大学第一、二分校（其前身为中国共产党于1931年在江西瑞金建立的中国工农红军卫生学校）组建而成。
学校历经80余年的发展建设，传承了伍连德博士“赤诚爱国、自强创业”的精神，发扬了中国工农红军卫校“政治坚定、技术优良”的光荣传统，秉承“木直中绳、博学载医”的校训，综合实力不断增强。具有相当的发展规模和鲜明的办学特色，已经跻身于全国高等医学院校前列，是黑龙江省重点建设的“211工程”院校。
学校设有基础医学院、公共卫生学院、卫生管理学院、药学院、研究生学院、成人教育学院暨继续教育学院、生物信息科学与技术学院、人文社会科学学院、马列主义学院、口腔医学院、护理学院、麻醉学系、体育学部、第一至第五临床医学院（附属医院）、大庆校区等附属单位。中国疾病预防控制中心地方病控制中心、国家理科基础科学研究与教学人才培养基地、国家新药临床试验研究中心、卫生部俄语培训中心、中国医学科学院黑龙江分院、黑龙江省医学科学院等设在校内。
全校现有在编教职工9513人，中国工程院院士1人，获南丁格尔奖1人，国务院学科评议组成员3人，国家级教学名师4人，有“国家杰青”、“千人计划”专家、“长江学者”讲座教授、省“龙江学者”特聘教授27人，享受国务院政府特殊津贴105人。
学校为国家教育部首批试办七年制高等医学教育的院校之一，是国家第一批卓越医生教育培养计划项目的试点高校。校本部普通高等教育设15个专业：基础医学（七年制）、临床医学（含七年制、六年制俄语医学专业、六年制日语医学专业、五年制）、口腔医学、护理学、麻醉学、药学、预防医学、医学影像学、公共事业管理、法学、生物技术、生物信息学、临床药学、市场营销、卫生监督。
“十一五”以来，学校分别获得教育部七年制高等医学教育教学评估、国家自然科学基金委理科基础科学研究和教学人才培养基地评估、教育部本科教学工作水平评估等优秀成绩，学校作为国内首家医学院校参加了国际医学教育认证试点性评估，36项办学指标全部达到世界医学教育联合会（WFME）医学教育全球标准的基本要求，其中26项指标达到高质量标准要求，人才培养质量得到了国外专家肯定。
“十一五”以来，获国家教学成果二等奖5项，获省教学成果一等奖14项、二等奖40项；现有国家精品课程12门、国家双语教学示范课程2门、省级精品课程14门；国家级教学团队4个、省级教学团队5个、省研究生导师优秀团队4个；国家特色专业5个、省级重点专业10个；国家实验教学示范中心3个，省级实验教学示范中心1个。
微小核苷酸（miRNA）功能学研究，microRNA转基因动物模型建立研究，抗心律失常药物作用最佳靶点的研究，中国人类基因组计划研究,精准肝脏外科技术研究，同种异体劈裂脾移植研究，As2O3治疗M3型白血病和治疗实体瘤的研究，大骨节病病因学研究，心脏移植，双手移植，单前臂移植和大肠癌综合治疗等在国内外具有较大的影响，分别得到《自然》、《科学》、《细胞》等国际著名杂志的赞扬
“十一五”以来，获国家自然科学二等奖3项，国家科技进步二等奖3项，部省级科研成果奖242项。获国家自然科学基金创新研究群体项目1项，国家自然科学基金重点项目及国家自然科学基金资助项目622项。主持国家“973”项目1项、“863”项目5项、国家“十一五”科技支撑计划4项、科技部重点重大国际合作项目4项。获教育部创新团队2个。获卫生行业科研重大专项1项。获葛兰素史克(GSK)中国研发中心生命科学杰出成就奖、保罗--杨森药学研究奖、霍英东青年教师基金和青年教师奖、全国留学归国先进个人奖等国家及黑龙江省最高科学技术奖120余人次。学校专家、学者在国际、国家级学术团体中兼任主任委员、副主任委员、副理事长、常务理事、常务委员、委员的专家达699个职位，其中有184人在多个国际、国家级学术团体中兼任副主任委员、副理事长以上职务。担任国际、国家级杂志编委以上职务的专家164人。主编国家规划教材60部、副主编61部、参编219部。
主办《中国地方病学杂志》、《国际遗传学杂志》、《国际免疫学杂志》《哈尔滨医科大学学报》等6种专业杂志。先后同美国、日本、加拿大、英国、澳大利亚、俄罗斯等10余个国家的50余所院校和研究机构建立了友好合作关系。
五所临床医学院（附属医院）均为三级甲等医院、全国“百佳医院”。目前实际平均开放床位12510张，年门诊量601.6万人次，年出院总人数52.4万人次。
学校连续四次被评为全国高等院校思想政治工作先进集体，连续三次被命名为全国文明单位。学校注重校园文化与环境建设，科技文化型校园建设成为广大师生的共识。校园绿树成荫，红柱碧瓦间高楼耸立，仿古与现代风格交相辉映，彰显了博学与高雅的校园环境。
学校领导集体带领全校师生团结奋斗，坚持以高水平的医学本科教育为基础，以学科建设为根本，优先发展研究生教育和长学制医学教育的办学思想。突出办学特色、推动研究教学型的大学快速发展，为实现国内一流、国际有影响的医科大学而努力奋斗！ （数据截至2012年12月）
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