对拿破仑在滑铁卢战役的失败原因，历来众说纷纭。胜利者威灵顿公爵认为，拿破仑采取战略上的进攻，是其失败的主因，拿破仑应等待联军侵入法国，时日一久必因粮食缺乏而自行崩溃。但是在1814年侵入法国的联军却并没有因粮食缺乏而崩溃。
拿破仑自己对科兰库尔说：是由于格鲁西未能及时增援，而骑兵又被击溃，以致惨败，内伊行动也不够积极、机智。他的话是比较符合实情的，但也是侧重于人事方面的分析。
对各种情况进行分析，拿破仑在滑铁卢战役失败有如下原因：
一、军队素质差，指挥员缺乏尽管拿破仑任命名将达武元帅为陆军部长，在2个月内组织了28.4万军队，且部队中也有不少老兵，但整个部队毕竟是仓促组建，缺乏训练，枪械、弹药、马匹也十分缺乏。部队的高、中级指挥员更是缺乏，以至格鲁西这样的平庸之辈也要独当一面。
法军在滑铁卢决战时，进攻被迫采用师纵队，每营成三列横队，每师则形成正面200人，纵深24-27列的庞大方阵，行动笨拙。
二、没有及时歼灭普军拿破仑计划集中兵力各个击破普英军，法军先于滑铁卢决战前两天的6月16日，在里尼击溃布吕歇尔的普军。但因1军团迷路，没有及时赶到战场，6军团又距离过远，调动太迟，致使里尼之战成为击溃战，而不是预想的歼灭战。
拿破仑也没有在16日黄昏组织追击普军，而是在第二天派出格鲁西元帅率3.4万人追击。但为时已晚，格鲁西根本没有找到普军，反而浪费了大量兵力，却使普军最后与英军会合，参加了滑铁卢的战斗。
三、兵力分散，调动不及拿破仑历来主张集中优势兵力。但此役却奇怪的一开始就分散使用兵力。
在里尼之战时，拿破仑在敌情不明的情况下，却派出内伊大军迂回普军右翼，结果内伊突遇英军2万，即放弃迂回围歼普军的任务，被次要敌人牵制，后仅迟缓的派出1军团，也没能到达战场。
在滑铁卢决战时，拿破仑仍未集中全部兵力，而是分出三分之一的兵力，由格鲁西带领去追击去向不明的普军，致使该部脱离战场。
四、法军将领的不称职内伊元帅尽管在滑铁卢表现了非凡的勇气，但其指挥是不力的。在里尼迂回时，不分主次，与2万英军纠缠，致使8万普军未被歼灭。
格鲁西元帅却是墨守成规，其在滑铁卢以3.4万的兵力，由于其之前在接到了拿破仑的命令。所以听到滑铁卢炮声，却以没接到命令为由不回援。其部下4军团司令吉拉尔将军一再力谏，都被其拒绝。
在此，茨威格的记叙可以做证：“6月17日上午11时，拿破仑第一次把独立指挥权交给格鲁希元帅。拿破仑的命令是清楚的：当他自己向英军进攻时，格鲁希务必率领交给他的三分之一兵力去追击普鲁士军。同时，他必须始终和主力部队保持联系。
“格鲁希元帅踌躇地接受了这项命令。他不习惯独立行事。只是当他看到皇帝的天才目光，他才感到心里踏实，不假思索地应承下来。使他放心的是，大本营就在附近。只需三小时的急行军，他的部队便可和皇帝的部队会合。”他基本上没有什么责任可言，但是他就是法国波拿巴复辟皇朝没落的一大罪人。
而作为总参谋长的苏尔特元帅，也是不称职的。第一次担任此职的苏尔特，尽管于18日晨及时的提醒了拿破仑调回格鲁西部，也有一些好的建议，但其参谋部的组织却是千疮百孔。法军在里尼、滑铁卢一再不知敌情。在里尼，参谋部竟不知普军右翼远处有2万英军，在内伊被牵制时，也没有及时命令其以主力投入主战场。而6军团竟因驻地远，调动迟，而未能赶到。在滑铁卢，参谋部既不知普军来援，也不知格鲁西的去向。
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