美国国家癌症研究所的斯蒂芬?奥布莱恩及其同事在上世纪80年代至90年代早期开展了5项长期研究工作，对1833名HIV病毒携带者进行了追踪。由于研究阶段先于高效抗逆转录病毒疗法（HAART），研究小组可在不受干扰的情况下密切关注艾滋病患者病情的发展。
随着科学家对艾滋病相关疾病及其与遗传信息间联系研究的深入，研究小组发现某些线粒体DNA基因型与艾滋病的发展速率有关。例如：具有单倍型类群U5a1和单倍型类群J等特定变异的患者，其艾滋病的发展速率可比一般人群提升两倍。与此相反，具有单倍型类群H3变异的患者的发展速率则可比一般人群减缓2倍之多。这为线粒体与艾滋病发展进程有关的理论提供了有力支持。HIV病毒可导致免疫细胞的死亡，这在细胞内的线粒体只可产生少量能量时更易发生。研究小组成员谢尔?翰德森表示，线粒体产生越少的能量，越能加剧疾病的发展，而单倍型类群U5a1和单倍型类群J都可引发线粒体的能量缺失。
研究表明，线粒体DNA测试有朝一日可对HIV病毒携带者进行准确诊断，决定病人应在何时开始治疗。剑桥大学的HIV研究人员安德鲁?利威尔表示，通过研究线粒体DNA的类型可确定哪些病人对HIV病毒的反应更敏感，应比一般建议的时间更早地开始高效抗逆转录病毒疗法。此外，对线粒体DNA进行扫描也可为医生提供帮助，以确定最佳的药物组合治疗。
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