日趋严重的农业污染不仅导致农产品安全质量下降，影响我国农产品的国际竞争力，而且使我国农业生产面临严峻的生态危机，制约农业的可持续发展。
我国农业长期以来以高产为目标，大量使用化肥、农药等化学物质成为常规的生产模式，不仅加剧了环境污染、生物污染，造成农产品安全质量严重下降，而且危及农业生产本身。据调查统计，我国目前遭受农药污染的农田面积达1.4亿亩。由于大量使用化肥，近20年来，东北地区开垦后的黑土土壤有机质由7％至8％下降到3％左右，内蒙古草地土壤的有机质由3％至4％下降到1％左右。由农业污染直接造成的农产品污染已经威胁到人们的生命和健康，急性发作的食物中毒事件屡见不鲜，潜伏性的危害更让人不寒而栗。与此同时，严重的农产品污染已使我国农产品的出口受到打击，许多传统的出口产品面临退出国际市场的危险。
中国农业大学资源和环境学院副院长吴文良教授指出，农业污染已经引发了我国生态和经济的双重困扰。农业污染不仅成为农业本身而且成为地表和地下水的重要污染源，而且导致化肥利用率和报酬率明显下降，生产成本持续上升，眼下每亩粮食的收入只有几百元。
有关专家在日前举行的中国绿色食品国际贸易与合作研讨会一致认为，我国农业已经面临着结构调整、产业升级、农民增收、生态环境治理、农产品国际市场竞争力提高的严峻挑战，治理农业污染就要迫使农业无论生产资料供应、生产过程控制，还是最终产品质量要求，都必须纳入环境无害化和生态合理化的轨道，这也使得绿色食品的大力开发成为必然选择。

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