目前生物信息学探究性教学应用于教学实践的时间不长，虽然取得了一定的成果，但在实践环节还存在以下主要问题。

1.学生的基础知识不扎实，导致探究性教学效果不好。生物信息学是生物、数学与计算机等学科形成的交叉学科，在进行探究性的教学过程中，涉及到数学与计算机方面的知识和技术比较多，而生物背景的学生在这方面的知识比较欠缺或者不强，所以在探究性问题的自主探究时，表现出参与的兴趣不高、设计的方案较为单一、小组协作的效率较低等实际问题，从而导致探究性教学效果不好。

2.学生的动手实践和创新能力不强，导致探究性教学没有落到实处。在按照自主设计的探究方案进行上机实践时，大部分学生的自主设计方案不能在上机时间内完成。除过设计较为复杂的情况外，大部分原因是由于学生自身对计算机的linux操作系统、perl编程语言以及相关的操作技术不熟造成的，有些细节在他们的自主设计中没有考虑到，所以总会碰到很多超乎其想象的问题。本来这些问题在课外时间学生可以继续解决，但由于学生的学习科目很多，上机没有完成的内容很少有学生在课外继续探究，导致探究性的上机实践活动没有落到实处。

3.教师的授课时间和水平限制，导致探究性教学的教师导向作用不明显。教师能否提出启发性的，适于进行探究性的问题是探究性教学能否取得成功的关键所在。但是由于课时和教学内容的限制，很多提出的问题还是以教师为中心，学生沿着教师的思路向统一的结果或者答案靠拢，学生并没有根据自身的知识结构从多种途径进行探索。

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