焦点1
公益性vs商业性
目前全国大约有8家左右的大学排行榜，知名的有武书连版本、中国校友网版本和网大版本。这类排行榜一般都是由独立的社会研究机构操作。由于在获取数据、问卷调查、维持运转、人力成本、刊登广告等方面需要大量成本，所以这些评价结果往往都会用作商业用途，比如说出书、专家讲座、宣传等。获利与排行名次间是否存在关联，成为大学排行榜屡被诟病的关键。
当大学排行榜遭遇信任危机时，之前并不被舆论重视的公益性排行榜走进人们视线。目前，国内自称不涉及商业经营的大学排行榜主要有4家，都是依托大学所属研究机构进行的，依靠课题组的科研经费运营。其中，上海交大的排行榜研究的是世界大学的学术排名；浙江大学的排行榜主要是在学校内部资料中使用，很少对外公布；武汉大学和中国人民大学主要致力国内高校的排名，但是武大的版本已经近两年没有露面。
人民大学高等教育研究中心研究人员沈健称，人大版排行榜是大学评价研究的副产品，并不是专门为排行榜而做排行榜。他们的排行榜几乎是“零成本”，因为所使用的数据完全是公开的，主要来自于教育部官方以及中科院文献情报中心等机构的数据。排行名次主要是展示中国高等教育的现状和发展趋势，无意对排行榜进行商业运作，更不会向学校收取任何费用，“这一点请公众放心并请大家监督。”
焦点2
依附性vs独立性
武书连曾表示，他是想作为独立的、不依附于大学的社会评价机构进行大学评价。新东方教育科技集团董事徐小平也认为，发布者必须是有公信力的、与教育部门不沾边的机构。而公益性的大学排行榜却都依托于大学下的研究机构，这又引起了另外一个质疑，当排名不受经济因素干扰时，是否会因为与所依托大学的“近亲”关系和行政上的压力，影响结果的公正性？
对此质疑，人大高教研究中心回应称，他们所面对的对象不仅仅是几个高校，而是全国上百所大学，不可能专门针对某所高校“量身定做”一套标准，只能说排名体系体现了课题组对一所“好大学”的理解。排名结果是通过指标数据客观取得，并不掺杂主观因素，“我们不可能用单位偏向的态度去对待学术问题。”
焦点3
“文”“理”之争
人大高教研究中心表明，他们的评价体系并不是为人大设立，但人大在该榜中名列第4，远远高于该校在其他排行榜上的名次。与之相对应的，一些理工类院校排名却有所下降。这一结论又该如何解释？
对此，该中心教育研究科科长舒颖岗指出，榜内很多文科高校的名次都有提升。这是由于，目前国内一些大学排行榜存在着不同程度的“重理轻文”现象。
所以，人大版选取学科建设和科研论文作为反映办学和科研实力的一级指标。
“也许，一贯以来一些排行榜以‘重理轻文’这种思路产生的排行结果已经对大家产生了一些思维定式，认为文科院校‘实力不济’才榜上无名，我们只是通过客观的排名体系和统计数据说明一个事实，那就是中国的文科院校应该得到与理科院校同等的对待。”沈健这样解释道。
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