上海江南制造局为训练所需人才，于开办时即附设机器学堂，教授有关制造方面的科学，化学为当时教授科目之一。可以说，上海江南制造局成立之年即可看成我国化学教育肇始之时。正规的教育中何时开始讲授化学，由于缺乏资料而成为难解决的问题。清政府还在南京、天津、威海卫、广东等地设立水师、陆师等军备学校，其中也有教授化学课程的。至于为训练外交人员而设立的京师同文馆(1862年）、上海广方言馆(1863年）广东方言馆(1864 年）等，起初仅教授外语课程，后来有的添设科学课程。如京师同文馆在1866 年添设算学馆，教授天文、算学、化学、格致等科，修毕该馆课程共需8 年，化学列为第7 年的课程。1866 年始设化学课，聘法国人毕利干(M.A.Billequin）任化学教习，1876 年建化学实验室，开展化学实验教学。虽然当时施行新式教育的学校，大都有化学课程，不过这类学校开办不多，故化学教育的范围极为有限，而且新教育的主要目的在于培养军备制造与翻译人才，用以抵抗外侮之用，与国家的正规教育毫无关系。国家取士之道仍为八股试帖这一条路，化学及当时所授的其他科学，在教育制度上既无地位，其重要性也少有人真正了解。这种情形直到1894 年甲午战争后开始有所改变。自从上海江南制造局开办到甲午之战，恰恰30 年，这是中国化学教育的萌芽时期。在此期间，近代化学传入中国，只是其教学仅限于当时所设的特种学校，学生极少，加之“督理非人，教习充数，专精研究者曾无一人”①，因此虽历时30 年，亦未见任何成效。只是在翻译西方化学书籍方面，稍留陈迹而已。

甲午之战，中国又败，而且割台湾，赔巨款，国力日衰，国难日重。朝野有识之士皆以为欲图自强并非局部改革所能奏效，必须全国变法而后可，于是发起革新运动。1896 年清政府下令，自京师以至各省州县，皆设学校，阅2 年。1898 年京师大学堂成立，各地亦相继设立各级学校，到1905 年，科举废止，各级学校更如雨后春笋在各地建立。为使前期所创办的方言馆与来的学校有一定制度可依，始订立有系统的教育制度，首颁《钦定学堂章程》，继有《奏定学堂章程》。以后的学制虽屡有修改，但大体变化不大。现行的学制系统，亦完全由此删而成。1903 年清政府颁布的《奏定学堂章程》(后称癸卯学制），是以政府法令的形式规定化学作为各级各类学堂的必修科目和内容，使化学教育形成体系，并在全国广泛地、逐步地开展起来。《章程》规定：高等小学堂学制4年，第2、3 年分别授寻常化学之形象、原质及化合物等化学内容；中学堂学制5 年，第5 年教授化学，每周4 小时；高等学堂学制3 年，分3 类学科，其中第2、3 类学科(为进入理、工、农、医各科大学之预科）第2 年授化学总论和无机化学，第3 年授有机化学和化学实验；大学堂学制3?4 年，分为8 科，其中格致科(即理科）设化学门(相当于系），工科设应用化学门，各门设有相应的化学课程。例如格致科的化学门设无机化学、有机化学、分析化学、化学实验、应用化学、理论及物理化学、化学平衡论等化学类课程，在第3 年毕业时要提交毕业课艺或自著论说(相当于毕业论文）；医科、格致科、工科、农科等其他各门也设相关的化学课程，如制药化学、卫生化学、生理化学、发酵化学和森林化学等。癸卯学制颁布后，全国各级各类学校逐步创造条件，陆续开展化学育，并开始了较正规的高等化学专门人才的培养。例如，京师大学堂(1912年改名为北京大学）于1910 年首先设立了格致科化学门，这是中国最早的高等化学教育机构。但是，由于清政府的腐败无能，以及癸卯学制的历史局限性，这个时期形成的化学教育体系不完善，水平不高，在许多地方形同虚设。虽然如此，毕竟有了比较完整的教育制度，形成了我国化学教育的初步体系。1910 年在北京协和医学院学习的学生1903 年清政府还明令奖励留学。经国家考试及格者，可以公费派到外国留学。同时，还可以自费出国留学。因此，以后每年出国留学生就常有数千人之多。1905 年以后，许多留学生留学归来。化学先辈曹惠群、徐善祥、王?(季梁）、张准(子高）、侯德榜、吴承洛、路敏行(季讷）、郑贞文、曾昭抡等，都曾到国外留学，回国后为中国的化学事业做出了重大贡献。
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