起初，他久滞县尉一职，后调入朝廷，任过侍御史和度支、兵部、吏部员外郎等职。唐玄宗开元二十三年(735年)以后连连高升，至开元二十九年(741年)成为正四品大员吏部侍郎，掌管了科举取士的大权。天宝二年(743年)他因开科取士不公，被贬为安康太守，转任过魏郡、河东、扶风等地太守，因政绩而封为高平县男，后又再度调入朝廷，历任工部尚书、东京留守、宪部尚书等职。唐肃宗至德二年(757年)，苗晋卿被委以左宰相的重任，筹划军国火事，其年十二月因功封爵为韩国公，食邑五百户，以后又转任过中书侍郎、侍中、太子太傅，唐代宗时为太子太保。
在苗晋卿长期的政治生涯中，虽然没有什么辉煌的建树，但也有许多令人赞美的事迹。其一是他避寇拒叛，大节可贵。天宝十四年(755年)安史叛乱发生后，唐王朝很快丢失京城。苗晋卿身为唐宪部尚书，因威望甚高而受到专断国政的杨国忠的嫉妒和排挤。叛乱一开始，杨国忠奏请唐玄宗，让苗晋卿去担任陕州刺史、陕虢两州防御史，企图把他挤出朝廷，到前线领兵打仗，与安史叛军对抗。他以年事已高、重病在身为由坚决辞去所授之职，这引起了唐玄宗的不满，虽答应了他，但又解除了他宪部尚书的职务。但他仍然翻山越岭，历尽艰幸，到金州避难，后又辗转回到唐肃宗的行在。唐代宗广德元年(763年)，吐蕃军队又占领长安京城，一些叛臣勾结吐蕃另立朝廷。那时，苗晋卿被唐代宗由侍中降职为太子太保，因病老卧床家中不能行走。伪朝廷想借他的威望装扮门庭，派人抬着轿子，威逼利诱他参加伪政府。而苗晋卿一言不发，不予理睬。苗晋卿不计个人恩怨，始终维护唐王朝的统治，不顾个人安危，忠于唐廷，保全大节，的确难能可贵啊!其二是地治郡有方，深得民心，苗晋卿在做地方官期间，宽厚待人，为官清廉，又善于抓大政方略，所到之处均有政绩，尤其是在魏郡做太守三年期间，政治清明，很得民心。当他调任之后，魏郡百姓因敬重和怀念他，在他生前就为他建立祠庙，树碑立表，歌功颂德。其三是他捐资办学，造福桑梓。苗晋鲫做魏郡太守期间，曾回乡省亲，在回乡途中，走到能望见壶关县城的地方，他就下了车马，步行前进，以示对乡邦的恭敬。手下小吏劝阻说：“太守德高望重，不应当这样自轻贱”，他却说：“过公门都要下马，况且是父母之邦呢?对父母之邦的一切都应该尊敬，你什么也别说了”，硬是步行到城里。到乡里之后，父老乡亲有向他献酒的，他都一律走下台阶接手中恭敬地饮尽，当时人们都赞美他这种谦敬的美德，他还拿出自己俸禄万钱献给乡学为经费，发展教育，造福于桑梓。
苗晋卿位居宰辅时，办事缜密练达，对大政方针也能尽职尽责地提出自己的主张，他曾谏阻了唐肃宗重用奸宦李辅国为常侍；也曾坚决辞去唐肃宗、唐代宗委他在国丧期代理朝政的摄冢宰之职，劝谏二君以国事为重，而不应辍朝治丧，以在纷乱异常的局势下解急，有利于政局的稳定。不过，苗晋卿虽然位至宰辅，却无恢宏大举，显得平庸无为。这一方面是由于他本人过分谦柔，在是非面前往往不敢以理相争，甚至有些明哲保身，故此，史学家讥讽他是“巧官”。另一方面，当时藩镇强横，社会动荡，他作为一名儒臣，又年老多病，在那倚重武将的现实情况下，确也是心有余而力不足。
苗晋卿为官三朝，以谦敬敦厚，精细博达为当时人们所推重，却也有过附谀权贵的不彩之举。天宝二年(743年)春，他被奸相李林甫授权，以吏部侍郎之职掌管科举取士大权，当时入选进士等第的有64人，御史中丞张倚的儿子张?amp;#93;参选，苗晋卿与另一主选大臣宋遥因张倚新近得到唐玄宗宠信而想讨得他的欢喜，就将张?amp;#93;列为甲等头名进士。榜出众人都知张?amp;#93;本是个草包，对他独占鳌头议论纷纷，有一位县令告诉了安禄山，安禄山上奏唐玄宗，唐玄宗就召集高中的64名进士在花萼楼亲自策试。结果，及格的不到十分之一、二，而张?amp;#93;手持考卷，整日竟没有写出一个字，交了白卷，当时人们讥笑他是个“曳白”。唐玄宗震怒，贬苗晋卿为安康太守。
永泰元年(765年)苗晋卿病老去世，终年81岁。唐代宗因此辍朝3日，为他举丧，谥号“懿献”，后又改为“文贞”。大历七年(772年)他作为重臣列入唐肃宗祭庙享受祭祀。
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