过去的研究发现新生儿得到肠病毒感染的死亡率差异相当大，可自0%到83%，但通常若是病患同时合并数种并发症则死亡率就会大幅增高。幸运地是，新生儿得到肠病毒的感染即使是严重的疾病，只要救治得当及时，一般来说预后良好。
　　
心肌炎

　心肌炎则通常会以呼吸困难、苍白、发绀、呕吐。刚开始可能会误以为肺炎，接着会出现明显的心跳过速，心脏扩大、脉搏不稳，快速演变成心衰竭、休克、甚至死亡来表现。

脑炎

　临床上若是有脑炎的并发症，则会有极度倦怠、意识障碍、抽搐，局部的神经学上不正常症状也可能发生，有时也会有明显颈部僵硬的情形。

肝炎

　台湾地区新生儿肠病毒最严重的并发症之一就是肝炎，以黄疸、肝脏肿大、血中肝脏酵素增加、血中胆红素增加、且通常会合并血小板低下和血液凝血时间延长。若是一旦发生了急性大量的肝脏细胞坏死，则随后肝脏衰竭、流血不止、肾脏衰竭都有可能接踵而至，此外，若合并颅内出血也可能造成致命的疾病。

其它并发症

　不过，偶而也有一些其它不常见的并发症，如坏死性肠炎、肌肉炎和血球吞噬症候群等。

　对于部分肝炎病患肝功能失调的情形会持续到幼儿时期或有肝钙化的情形，但是大部分的病患肝功能终究是会恢复正常的。

　至于新生儿神经学上的并发症的预后就比较困难去预测，譬如说，如只是单纯的无菌性脑膜炎，一般来说预后良好，但若是严重的脑炎则就有可能会有智力降低和运动障碍等长期的后遗症。

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