和所有其他的药物一样，接种疫苗也会有副作用。在接种疫苗之后针孔处会发红和疼痛，也会有短暂的和生病差不多的感觉或者是低烧症状。但是对接种疫苗持怀疑态度的父母最大的担忧还是接种疫苗之后是否会对儿童有严重的损害。
“严重的副作用和接种并发症是很少见的，而且主要都是由于对注射疫苗的伴用药物的过敏反应引起的。”罗伯特•科赫研究所在一份关于注射疫苗的报告中这样写道。“在改良了天花疫苗和针对小儿麻痹症和肺结核(BCG疫苗)的口服疫苗后，这种损害的可能性已经观察不到了。根据《传染病保护法》(第六章第一段第三条)的规定，从2001年1月到当年的10月，在大约三千万接种疫苗病例中共发现了236个疑似接种并发症病例。最新的报告里虽报道了一种对健康的损害，但并不能说明这与注射疫苗有什么因果联系。虽然某种并发症可能与疫苗相关，但并没有数据可以证明注射疫苗增大了并发症的风险。更重要的是，如果将这些情况与那些因没有接种疫苗而染上传染病后有可能出现的并发症相比就会发现，接种疫苗引起并发症的几率要比生病引起并发症的几率小得多。例如：百分之九十八感染上麻疹病毒的人会发病，其中每一千到两千人中就会有一人感染脑炎。美茵茨大学预防科学中心儿科医生，海茵茨•约瑟夫•施密特教授指出：“相反到目前为止，还没有一例因注射麻疹疫苗而感染上脑炎的记录。”
现代的疫苗针剂都是高效而平稳的，但是与其他药物一样，疫苗的有效性也不可能是百分之百。例如会有大约百分之五到百分之七的人在接种了麻疹、流行性腮腺炎和风疹疫苗之后并没有产生免疫力。所以如果从这一角度来看的话，那些反对疫苗的人所宣称的“麻疹流行时注射过疫苗的人比没有注射过疫苗的人得麻疹的更多”说法也算是正确的。但是有一个例子可以表明，上述的事实不但没有反驳、甚至还从反面支持了疫苗的接种：
假设有个村庄里共有1000个村民，其中二十个村民没有接种过疫苗。麻疹病毒开始流行起来。由于麻疹是传染性最强的疾病之一，所以有可能没有注射过疫苗的二十个人都会传染上麻疹。假使麻疹疫苗的有效保护率在百分之九十五左右，那么大约会有百分之五的注射过疫苗的人没有产生免疫力有可能染上麻疹。这样的话这个村子就有五十名接种过疫苗的人和二十名没有接种过疫苗的人得了麻疹---也就是差不多三比一的关系。但是如果所有村民都没有接种疫苗，那么可能几乎所有的村民，也就是将近一千个人，都会传染上麻疹。
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