制药工程专业的特色在于其既与传统化工、药学类专业有密切联系，又有本质区别。制药工程专业在化学制药、中药制药和生物制药等领域中寻求共性的知识和规律。因此，高校均将有机化学、物理化学、化学原理、生物化学等作为该专业的主干课程。
因此，相当数量的精细化工专业看准了制药工程方向，改建成制药工程专业。这就是为什么今天许多制药工程专业是开设于化工学院内的原因，学习内容既包括化工知识，也涉及基本的药物理论。制药工程专业相对独立，涉及化学类的东西更多，主要是学习西药是怎么做出来的，说得专业一点，就是药物的合成，所以，一些学校，这个专业也叫“药物化学”。但是如果要具体分，制药工程专业是药物的制备，其涵盖的面更加广泛。
在正式出现制药工程专业名称前，国内的高校已经设置了与此相关的专业，这些专业一部分设置在医药科大学，一部分设置在综合性大学，更多的设置在理工科大学。各类学校同时结合各自的办学特点，充分发挥自已的优势：综合性大学、理工类大学对工程学、化学、生物工程等方面的课程设置较为重视。
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