全国共有3所开设了药物化学专业的大学参与了排名，其中排名第一的是中国药科大学，排名第二的是广东药学院，排名第三的是上海工程技术大学，以下是药物化学专业大学排名列表：
| 药物化学专业大学排名 | 学校名称 |
| 1 | 中国药科大学 |
| 2 | 广东药学院 |
| 3 | 上海工程技术大学 |
以上药物化学专业大学排名是根据药物化学专业在热门省市（北京、湖北、广东等）的录取分数线综合排名，供大家参考。
药物化学专业都具有很强的专业性，比如药理学、药剂学、药理分析等，不光是学点化学就可以掌握的，药学有着其较为特殊的专业性，但是药物化学，相对来说，是交叉性较强的一门学科，也是药学的一门基础性学科，对生物化学、分子生物学、分析化学都有涉及，因此它的广泛性和综合性，使其成为申请人数颇多的一门药学类专业。
本专业拥有分子生物学、分子药理学和分子医学生物学等仪器设备先进的实验室。拥有600兆核磁共振波谱仪、流式细胞仪、生物大分子相互作用仪、核酸测序仪、蛋白质分析仪和高效毛细管电泳仪等先进的仪器设备，并与国内外许多科研机构保持广泛的交流与合作。
药物化学是一门发现与发明新药、合成化学药物、阐明化学药物性质、研究药物分子与机体细胞（生物大分子）之间相互作用规律的综合性学科，是药学领域中重要的带头学科。主要内容包括药物合成、天然药物化学、药物优化设计与计算、药物输送系统、天然活性成分、分离和纯化、构效关系和药物分子设计等研究。药物化学的首要任务是发现先导物，进而开发高效、低毒的新药。因此药物化学是药学学科的重要的支撑和主干学科。
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