1995年7月大连海事大学与国家海洋局大连环保研究所联合筹建海洋环境工程学院。挂靠于轮机工程学院。2000年12月学校院系调整，该学院独立并更名环境科学与工程学院。
学院下设环境工程本科专业，具有环境科学硕士、博士学位授予权。学院本部下设三个教研室，一个研究所和一个实验中心，包括海洋环境化学教研室、海洋环境工程教研室、环境监测与评价教研室、环境工程研究所和环境教学与科研实验中心。学科方向覆盖海洋环境工程、海洋环境化学、环境污染治理、环境规划管理和环境生物技术等。
学院拥有以工程院士、特聘教授和教授为带头人的思想活跃的学术梯队，以博士、硕士等构成的具有丰富教学和科研经验的师资队伍，以高素质人员构成的管理队伍。拥有27名在聘教职工和近10名兼职教师，共有14名教授或研究员，其中有5名博士指导教师和10余名硕士生指导教师。
海洋环境科学与工程学院是培养环境科学、环境工程、环境规划与管理、环境污染治理以及环境监测与评价等方面高层次人才的重要教学基地。学院承担国家自然科学基金重点项目、交通部重点科技项目、省重点攻关项目及省科委基金资助项目多项；还承担大型企业、集团委托的科技攻关项目。
2002年初，本院环境科学学科被确定为辽宁省重点学科。环境科学与工程学科被确定为交通部"十五"期间重点建设学科。
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